อ็อทโท ฟ็อน ฮาพส์บวร์คทรงอภิเษกสมรสกับ เจ้าหญิงเรกีนาแห่งซัคเซิน-ไมนิงเงิน ทั้งสองพระองค์มีพระโอรสและพระธิดารวม 7 พระองค์ และยังมีพระราชนัดดารวมทั้งหมด 23 พระองค์

• อาร์ชดัชเชส อันเดรอา (ประสูติ 30 พฤษภาคม พ.ศ. 2496) ทรงอภิเษกสมรสกับเคานต์คาร์ล ยูเจน แห่งไนปเปร์ก มีพระโอรส 3 พระองค์ พระธิดา 2 พระองค์
• อาร์ชดัชเชส โมนีคา (ประสูติ 13 กันยายน พ.ศ. 2497) ทรงอภิเษกสมรสกับ หลุยส์ เดอ คาซาโนวา คานดานาส์ ยี บารอน, ดยุกแห่งซานตาแองเจโล, มาเควสแห่งเอลเค้, เค้านท์แห่งโลโดซ่า, และแกรนด์ดีแห่งสเปน ซึ่งทรงเป็นเลือดเนื้อเชื้อไขของเจ้าหญิงหลุยส์ซ่า เทเรซาแห่งสเปน มีพระโอรส 4 พระองค์
• อาร์ชดัชเชส มีชาเอลา (ประสูติ 13 กันยายน พ.ศ. 2497) เป็นพระขนิษฐาฝาแฝดกับอาร์ชดัชเชสโมนิก้า ทรงอภิเษกสมรสครั้งแรกกับ เอริค เตรัน เดอ แอนติน มีพระโอรส 2 พระองค์ และพระธิดา 1 พระองค์ ภายหลังทรงหย่าและสมรสใหม่กับเค้านท์ฮัมเบอร์สแห่งคาเกเน็ค
• อาร์ชดัชเชส กาบรีลา (ประสูติ 14 ตุลาคม พ.ศ. 2499) ทรงอภิเษกสมรสกับคริสเตียน เมสเตอร์ ภายหลังทรงหย่าเมื่อพ.ศ. 2540 มีพระโอรส 1 พระองค์ และพระธิดา 2 พระองค์
• อาร์ชดัชเชส วัลบูร์กา (ประสูติ 5 ตุลาคม พ.ศ. 2500) ทรงอภิเษกสมรสกับเคานต์อาร์ชิบาล์ด ดักลาส มีพระโอรส 1 พระองค์
• อาร์ชดยุกคาร์ลแห่งออสเตรีย (ประสูติ 11 มกราคม พ.ศ. 2504) ทรงอภิเษกสมรสกับ บารอเนส ฟรานเชสกา ทิสเซน-บอร์เนอมิสซา มีพระธิดา 2 พระองค์ และพระโอรส 1 พระองค์
• อาร์ชดยุก จอร์จ (ประสูติ 16 ธันวาคม พ.ศ. 2507) ทรงอภิเษกสมรสกับ ดัชเชสอีไลก้า เฮเลน จูทต้า เซเลเมนตีน แห่งโอลเดนเบอร์ก มีพระธิดา 2 พระองค์ และ พระโอรส 1 พระองค์